Untuk menunjang cita-cita tersebut Pontren Al-Huda mempunyai beberapa unit usaha yang dikelola oleh Kopontren antara lain :

1. Bidang Agribisnis

Alloh SWT melimpahkan karunia-Nya kepada kita semua diantaranya adalah tanah air yang subur, beragam tumbuhan dan binatang tersedia untuk diambil manfaatnya, dan kondisi iklim tropis yang sangat mendukung untuk melakukan usaha agribisnis.
Agribisnis merupakan salah satu bidang usaha yang meliputi:
a. Pertanian
b. Perkebunan
c. Peternakan
d. Perikanan
Semuanya berorientasi pada hasil budidaya dan perdagangan hasil-hasil panennya. Jadi tidak hanya sekedar dikomsumsi sendiri, namun hasil agribisnis Pontren Al-Huda diarahkan pada hasil yang dapat meningkatkan kesejahteraan para dewan kyai khususnya dan para santri pada umumnya.

2. Bidang Perdagangan

Perdagangan di Pontren Al-Huda merupakan bidang usaha yang dianggap cukup relevan, karena konsumennya adalah santri jadi sudah dapat dihitung dengan pasti. Bidang perdagangan yang dikelola oleh Kopontren Al-Huda adalah :
a. Waserda
b. Kantin
c. Suplier Pupuk

3. Bidang Produksi

Bidang usaha ini merupakan bidang yang paling banyak menyerap tenaga kerja, dikarenakan tidak semua santri mampu membayar uang infaq bulanan/iuran tapi semangat untuk mencari ilmu agama begitu besar, maka santri seperti itu selain daripada mengaji dapat dimanfaatkan tenaganya untuk membantu usaha tersebut. Bidang usaha produksi yang sudah berjalan di Pontren Al-Huda adalah:
a. Konveksi (garment)
b. Snack

4. Bidang Jasa

Karena di dunia ini manusia tidak bisa hidp sendiri tanpa bantuan pihak lain dan mustahil kita hidup tanpa berinteraksi dengan sesama manusia, sebab secara fitrah manusia diciptakan bersuku-suku dan berbangsa-bangsa adalah untuk saling tolong menolong dengan yang lainnya. Oleh karena itu Pontren Al-Huda membuka usaha Bidang Jasa untuk membantu masyarakat yang memerlukan jasa dari Pontren. Bidang jasa yang sudah ada saat ini baru dibidang percetakan saja.